ექვთიმე სიმონის ძე თაყაიშვილი დაიბადა გურიის, მაშინდელი ქუთაისის გუბერნიის ოზურგეთის მაზრის სოფ. ლიხაურში. ოფიციალური ცნობით, 1863 წლის 5 ივნისს, ხოლო თვით ექვთიმე თაყაიშვილის შენიშვნით „შესაძლოა ამაზე ერთი წლით ადრე“.
მამა - აზნაური სიმონ ნიკოლოზის ძე თაყაიშვილი, ჩინოსანი - კორდონის ოფიცერი, საზღვრის მცველი ყოფილა მაშინდელი გურია-ოსმალეთის ხაზზე.
დედა - თავადი გიტული (გიტო) ნაკაშიძის ასული (სოფ. მაკვანეთიდან). ნინო მაზრის მოწინავე ქალთა შორის იხსენიება. კარგი პატრიოტი ყოფილა.
არაერთხელ აღუნიშნავს ექვთიმეს: „ხუთი წლის ვყოფილვარ, რომ დედის გვერდიდან ავუყვანივარ ბებიას. დედა გარდაცვლილი იყო და მე კი ისიც არ ვიცოდი, რას ნიშნავდა სიკვდილი, უფრო ის დამამახსოვრდა, რომ ტიროდნენ და ამბობდნენ: „რა ეშველება ობლებს?!...“
ობლებს ბებია და ახლობლები უვლიდნენ... მამის გარდაცვალების გამო ექვთიმესა და მის და-ძმებს მზრუნველად დაუნიშნეს - სიძე სიმონ გოთუა. „აპეკუნის“ გარდა ბავშვებს მაკა ბებია და მაკა მამიდა უვლიდნენ.
ბებია მაზრაში საპატივცემულო ქალად ყოფილა მიჩნეული „თავ-და-თავ-ხელობად... ექიმობას თვლიდა“. ექვთიმესაც ახსოვდა ბებიის მიერ ზოგიერთი წამლის დამზადების წესი.
ყმაწვილ ექვთიმეს ბევრი მზრუნველი ჰყავდა, მიუხედავად ასეთი მზრუნველი გარემოცვისა, მაინც გამოუსწორებელი მარცხი იწვნია ექვთიმემ - „ბავშვობაში მე ცელქი ვყოფილვარ. სამი წლისა ხეზე გავსულვარ, გადმოვვარდნილვარ და მარჯვენა ფეხი მომიტეხია. მე არ მახსოვს ეს ამბავი, მახსოვს, მხოლოდ, თუ ერთ ღამეს როგორ ამომვარდა მოტეხილი წვივის ძვალი და შემდეგ როცა ბავშვებს გავაჯავრებდი „კოჭლაბუხას“ მეძახდნენ“.
ყმაწვილი ექვთიმე ოზურგეთის სასწავლებელში შეუყვანიათ, თაყაიშვილის მოგონებებიდან „მხოლოდ მაშინ მამიდა მაკამ შემიკერა ახალუხი და მაუდის ჩოხა; ჩოხას ჩვეულებრივი საექილეები არ გაუკეთეს და ზოგიერთი მე, ამის ჩამცმელს დიაკონს მეძახდნენ. ეს იყო ბავშვობაში პირველი და უკანასკნელი ხეირიანი ჩაცმა ჩემი: შემდეგ ზამთარ-ზაფხულს, პარუსინის ბლუზის მეტი არა მცმია რა“. სახელმძღვანელოებიც კი არ ჰქონია ექვთიმეს, ზეპირად იხსომებდა მასწავლებლის მონათხრობს. „რუსული ენის სახელმძღვანელო მხოლოდ ზოგიერთ მოწაფესა ჰქონდა - უფრო მეტად იმას, ვინც წლობით დიდი იყო. მე ამგვარებს ვეხმარებოდი გაკვეთილების სწავლაში და ამ სახით ვსარგებლობდი მათი წიგნებით“.
1869 წელს 7-8 წლის ე. თაყაიშვილი შეიყვანეს ოზურგეთის სამაზრო სასწავლებლის მოსამზადებელ კლასში. სადაც ორი წელი დაჰყო. ყველაზე მეტად მას მასწავლებელი იოსებ თაყაიშვილი ჰყვარებია. საერთოდ იოსებს ექვთიმე იმ დონეზე სცემდა პატივს, რომ კარგა ხნის შემდეგ, როდესაც იოსები გარდაიცვალა, ექვთიმე თბილისიდან ლიხაურში ჩასულა და გამოსამშვიდობებელი სიტყვა წარმოუთქვამს „მიცვალებულზე სიტყვის თქმა - წერს ექვთიმე - ჯერ კიდევ არ იყო გურიაში მიღებული და ჩემმა სიტყვამ დიდი შთაბეჭდილება მოახდინა დამსწრეებზე“.
1874 წელს სამაზრო სასწავლებელი საქალაქოდ გადაკეთდა, პროგრამაც გაკეთდა და „თითო კლასში ორ-ორი განყოფილება იყო“... ამ დროს ექვთიმე მესამე კლასში გადადიოდა. ობოლს კვლავ ოთხი წელი რომ არ დასჭირვებოდა მზრუნველმა სიძემ ფოთის სამაზრო სასწავლებელში ჩაარიცხინა. ფოთში ბინაც გაიუმჯობესა მოწაფემ, სწავლაშიც თანაკლასელებს დაეწია და გაუსწრო. მესამე კლასი წარმატებით დაამთავრა და კვლავ ლიხაურში დაბრუნდა.
1875-76 წწ იგი ლიხაურშია. ექვთიმე უფრო ახლოს ეცნობა სოფელსა და მის ყოფას. ყმაწვილის ყურადღებას ჯერ კიდევ მაშინ იქცევდა სოფლის ისტორიული ძეგლები. 1873 წელს ისტორიკოსი დ. ბაქრაძე ჩასულა ლიხაურში და ღამე ექვთიმეს ბიძა ქაიხოსრო თაყაიშვილთან გაუთენებია. სტუმრის საქმიანობით ყმაწვილიც დაინტერესებულა. ესეც უნდა ყოფილიყო ერთ-ერთი საბაბი იმისა, რომ იგი არქეოლოგიამ გაიტაცა.
1876 წელს ექვთიმეს ძმამ ნიკომ შვებულება აიღო და ლიხაურში ჩავიდა. იგი ქუთაისში, სამხედრო სასწავლო რაზმში „უჩებნაია კომანდაში“ მსახურობდა... ექვთიმე ატეხილა - „ქუთაისში წამიყვანე, ლათინურში წავიმეცადინებ და გიმნაზიაში მოვეწყობიო..“
ნიკომ ძმა წაიყვანა 1876 წლის ძლიერ ცივ ზამთრის დღეს. მოხუცი ექვთიმე გულისტკივილით იხსნებდა „არავის გახსენებია ჩემთვის საზამთრო ტანისსამოსის დამზადება“.. ექვთიმეს მხოლოდ წაღების და პარუსინის ბლუზა სცმია. ორი დღის შემდეგ ჩაუღწევიათ „ტროიკით“ ქუთაისში. პატარა ექვთიმეს ყაზარმაში მიუჩინეს ადგილი, აქვე იკვებებოდა და უკვირდათ სხვებს, რომ მუდამ წიგნს კითხულობდა. ეს შეუმჩნევია „კომანდის“ უფროსსაც. შესცოდებია ყმაწვილი და ნება დაურთავს ყაზარმაში დარჩენაზე. მაშინ ქუთაისში იმყოფებოდნენ იოსებ და კოწია თაყაიშვილები; მათი დახმარებით ექვთიმე ქუთაისის ერთ-ერთ შეძლებულ ოჯახს აუყვანია რეპეტიტორად.
ექვთიმემ გამოცდების წინა დღეებში წაიმეცადინა ლათინურში. ლათინურის გამო ექვთიმე მიიღეს პროგიმნაზიის II და არა III კლასში და ისევ წინააღმდეგობა - სწავლის ნახევარი წლის, ექვსი მანეთი შეიქმნა გადასახდელი - ექვთიმე ატირებული მისულა დიასახლისთან: „მესამე კლასში მწადდა შესვლა და ვერ შევედი, მეორეში მოვხვდი და იქიდანაც დამითხოვეს - სწავლის ფული ვერ შემაქვსო“...
გულკეთილ დიასახლისს გაუხსნია დანაზოგების ყულაბა და შიგ 6 მანეთზე მეტი ძველი და ახალი ქართული და რუსული ლითონის ფულები აღმოჩენილა. ექვთიმეს მიუტანია იგი ინსპექტორისათვის, რომელიც განცვიფრებულა - სად იშოვე ნუმიზმატიკის ეს კოლექციაო!...
„ამგვარად, ნასესხები ფულის წყალობით დავიწყე პროგიმნაზიაში სიარული. შევეცოდე ინსპექტორს, ობლობისა და სიღარიბის ცნობა მიმატანინა, სწავლის გადასახადიდან გამათავისუფლა და რადგან პანსიონში ადგილი აღარ იყო, სანაცვლოდ 8 მანეთი დამინიშნა ყოველთვიურად“...
პროგიმნაზიაში ექვთიმეს სახელი გაუთქვია, როგორც ბეჯით მოწაფეს. 35 მოწაფიდან მეოთხე კლასი მხოლოდ რვას დაუმთავრებია. 1879 წელს ე. თაყაიშვილი მეხუთე კლასში ჩაირიცხა.
ქუთაისში ექვთიმე მოხვდა ოზურგეთელ თანაკლასელ ნიკო მართან, რომლის „უჩვეულო ნიჭიერებასა და დიდ მომავალს“ მასწავლებლები ერთხმად აღიარებდნენ.
ექვთიმე თაყაიშვილი და ნიკო მარი თანამოაზრეები იყვნენ. მათ გადაწყვეტილი ჰქონდათ, პეტერბურგის ისეთი ფაკულტეტი შეერჩიათ, რომელიც „უფრო იყო საჭირო საქართველოსთვის“...
ექვთიმე თაყაიშვილმა 1883 წელს ქუთაისის გიმნაზია ვერცხლის მედალზე დაამთავრა. წარჩინებული დიპლომის მფლობელს ეკუთვნოდა კავკასიის სასწავლო ოლქის სტიპენდია და მოსკოვის უნივერსიტეტში აგზავნიდნენ.. მაგრამ ექვთიმეს სწავლის გაგრძელება პეტერბურგში სურდა, რადგან ისტორიას იქ უკეთ ასწავლიდნენ, თან დიდი სურვილი ჰქონდა დასწრებოდა აღმოსავლეთმცოდნეობის ფაკულტეტის ლექციებს.
გიმნაზიის დირექტორის ა. სტოიანოვის შუამდგომლობით ექვთიმე თავისი სტიპენდიით პეტერბურგში ხვდება.
1883 წლის სექტემბერში ექვთიმე ჩაირიცხა პეტერბურგის ისტორიულ-ფილოლოგიურ ფაკულტეტზე, მას სულ ჰქონდა 700 მანეთი და სტიპენდია. ეს თანხა უნდა გამოეზოგა მას სტუდენტობის წლებში და სამსახურის ჯამაგირამდე. „მე თავიდანვე უსათუოდ მინდოდა პეტერბურგის უნივერსიტეტში შესვლა, რადგან პეტერბურგი უფრო ევროპული ქალაქი იყო, ვიდრე, მაგალითად, მოსკოვი“. აქ მიიღო აკადემიური განათლება, გაეცნო ჩვენ დიდ მამულიშვილებს - ი. ჭავჭავაძეს, ვაჟა- ფშაველას...
პეტერბურგის სახელმწიფო ისტორიულ არქივში დაცულია სტუდენტ ექვთიმე თაყაიშვილის პირადი საქმე, რომელშიც დევს განცახდებები პეტერბურგში ცხოვრების ნებართვისა და საზაფხულო არდადეგებზე პავლოვსკში, ერთხელ თბილისში და ერთხელაც სხვაგან საზაფხულო არდადეგების დროს გასვლის შესახებ.
1887 წელს ექვთიმე თაყაიშვილმა წარმატებით ჩააბარა სახელმწიფო გამოცდები, იმავე წელს, ზაფხულში კანდიდატის ხარისხი დაიმსახურა. ექვთიმე წერს: „კანდიდატის ხარისხი რომ მიეცათ ყველა საგანში ხუთიანი უნდა მიგეღო სახელმწიფო გამოცდებზე“. მან წარმატებით შეისრულა მიზანი.
ნ. მარი პეტერბურგში დარჩა. მან ერთი წლის შემდეგ დაასრულა სწავლა, თბილისში გადმოსვლას რომ აპირებდა, თაყაიშვილმა მისწერა: „ფეხი არ მოიცვალო პეტერბურგიდან, შენი ადგილი მანდაა, აქ მე დამიპირეს გაფუჭება და შენ სიფიცხეს უფრო არ აიტანო!“...
მოგვიანებით ექვთიმე თავის სიყრმის დროინდელ მეგობარზე სიამაყით წერს...
„ნიკო, მართლა, მსოფლიო მნიშვნელობის მეცნიერად გამოიზარდა და გააცნო საზღვარგარეთს ქართველი ერის კულტურა, რასაც, რაღა თქმა უნდა, თბილისში მოღვაწეობით ნაკლებად შეძლებდა...“
